과학중점학교란 일반계 고교에 과학고에 준하는 교육과정을 운영하여, 일반계 고등학교보다 과학, 수학 교과의 이수비율(전체 교과의 45%)이 높고, 다양한 체험활동을 통해 우수 이공계 인재 양성에 기여토록 2010년부터 시행중인 교육부 역점사업이다. 전국 100개의 과학중점학교 가운데 경상북도 지역에 8개 학교만 운영된다.

함창고가 과학중점학교로 신규 지정됨에 따라 2016학년도 과학중점학급 학생들은 과학, 수학과목에 대한 수준별 수업, R&E(Research & Education: 대학교수나 연구진의 지도하에 팀을 이뤄 특정 주제를 연구한 뒤 이를 소논문 형식으로 정리·발표하는 교육과정), 다양한 체험활동과 실험, 재미있고 심도 있는 수업을 받을 수 있게 되었다. 그 결과, 과학중점학급 학생들은 전체 이공계열 상위 3.3% 이내의 학생들이 갖는 스펙을 확보할 수 있어 대학 진학에 절대적으로 유리하게 되고, 융합형 인재 양성을 통해 지역 우수 인재의 유출 방지 및 외부 우수 인재 유입에 큰 역할을 할 것으로 기대된다.

김영학 교장선생님은 "함창고가 과학중점학교로 지정됨으로써 앞으로 상주지역을 넘어 전국 명문학교로 발전할 수 있는 계기를 마련하게 됐다."며 "인문학적 소양과 풍부한 과학지식을 겸비한 융합형 인재를 양성하는 명문학교로 거듭나도록 노력하겠다."고 소감을 밝혔다.