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보건소는 비상근무조를 편성 평일 오전 9시부터 밤 8시까지, 토·일요일(공휴일)은오전 9시부터 저녁 6시까지 비상근무하며, 24시간 비상연락체계를 상시 유지키로했다.
메르스환자 및 의심환자 모니터, 밀접 접촉자 및 일상적접촉자 관리, 중동지역 입국자 추적조사 등의 주요임무를 수행하게 된다.
의심환자 발생 시 최초 환자 노출 가능지역을 대상으로 밀접접촉자 외 일반인 중 호흡기 증상 의심자를 발견한 의료기관 또는 약국이 그 사항을 보건소에 신고토록 하고 있다.
의심환자에 대해서는 진단·검사·격리 등을 적극적으로 조치하여 확산 사전 방지에적극 대처하기로 했다.
현재 국가지정입원치료병원은 전국적으로 17개소 544병상이 확보됐으며, 지역 내의심환자가 발생하면, 보건소 구급차를 이용하여 안전보호장구 착용 후 전남대학교병원으로 이송하게 된다.
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